A origem do Patriarcado é do século quatro quando Bizâncio (chamada mais tarde de Constantinopla e hoje de Istambul) era uma pequena cidade grega. No século 6, o título oficial do bispo se tornou o "Arcebispo de Constantinopla, Nova Roma e o Patriarca Ecumênico". A Igreja de Santa Sofia era o centro do patriarcado Ortodoxo de Constantinopla. Durante a Ocupação latina (1204-1261) a igreja de Santa Sofia se tornou uma catedral católica romana, e muitos dos seus tesouros e relíquias foram espalhadas.

Quando os otomanos conquistaram Constantinopla em 1453, o Patriarca na ocasião, Athanasius II, foi morto juntamente com o último Imperador bizantino Constantine XI. A Igreja de Santa Sofia foi convertido em uma mesquita e a Igreja Patriarcal Ecumênica teve de ser transferida para outro local em Istambul. Nesta época Gennadios II foi o patriarca durante 2 anos, sendo seguido por muitos outros. Hoje Bartholomew é o Arcebispo de Constantinopla, Nova Roma e o Patriarca Ecumênico e ele é o patriarca de numero 270, sucessor de dois mil anos da igreja Cristã fundado por Santo André.

No século 17 a igreja se mudou para o edifício onde fica situado hoje perto do Corno de Ouro onde havia um monastério de mulheres de madeira muito bonito que foi renovado e que pode ser visto vizinho a igreja.

Dentro da Igreja você verá pinturas e ícones muito bonitos. Você poderá ver três sarcófagos feitos de prata e cobre. Dentro destes sarcófagos há corpos de santos. Nas festividades eles abrem os sarcófagos e assim você pode ver o esqueleto dos santos, propriamente trajados. Há uma pedra de mármore preta muito especial que veio de Israel. É dito que o Jesus foi amarrado a esta pedra e açoitado antes de ser crucificado. Em Roma e Jerusalém estão expostas as outras partes dessa mesma pedra.

É um hábito das pessoas religiosas de deixar qualquer coisa eles possuem (um relógio, um anel, qualquer coisa material) em frente ao ícone do santo que eles fizeram uma promessa ou do qual eles receberam uma bênção. Muitos pessoas ainda fazem isto, mas a igreja não mantém os objetos em frente do ícone e sim guardados em um quarto.

Muito perto da igreja, no alto de uma colina você poderá ver um edifício bem proeminente em Fener, o bairro grego antigo, esse edifício é a Escola grega em turco Rum Lisesi, e é geralmente conhecida como Kirmizi Mektep (Escola Vermelha). O edifício data de 1881.